The Association of Non-Coding Rnas With Breast Cancer Molecular Subtypes

Abstract

Meme kanseri, meme dokusunda belirgin moleküler değişikliklerin bir sonucu olarak ortaya çıkan heterojen bir kanserdir. Dünya sağlık örgütü 2020 yılı verilerine göre 2,3 milyon kadına meme kanseri teşhisi konulmuş ve diğer kanser türleri ile karşılaştırıldığında tüm kanser türleri arasında meme kanserinin oranının dörtte birini temsil etmektedir. Bu da 685.000 kadının ölümüyle sonuçlanmıştır. Son yıllarda meme kanseri tedavisi ve hedefe yönelik tedavide birçok yeni gelişme olmasına rağmen, bu kanser türü yüksek morbidite ve mortaliteye sahiptir. Bu nedenle, biyobelirteç tespiti için hala yeni araştırmalara ihtiyaç vardır. Yaklaşık on yıldır kanser biyolojisi hakkındaki bilgilerde muazzam artış ve moleküler teknolojideki gelişmelerle birlikte kanserdeki biyobelirteçlerle ilgili literatür bilgileri artmaktadır. Meme dokusundaki kodlanmayan RNA'ların, dairesel RNA'lar (circRNA'lar), mikroRNA (miRNA) özellikle kanser alanında en önemli araştırma odaklarından biridir. Son yıllardaki çalışmalar circRNA'ların hücrede çok önemli roller oynadığı gösterilmiştir ve özellikle kanser alanında en önemli araştırma odaklarından biri olmuştur. Meme kanseri ile ilişkili olabilecek birçok circRNA, miRNA ve gen tanımlanmıştır. Üç circRNA (hsa_circ_0000375, hsa_circ_0016201, hsa_circ_0000515), üç miRNA (miR-486-5p, miR-141-5p ve miR-183-5p) ve 18 genin (CIDEC, ADH1B, TMEM132C, LIPE, ABCA8, ACVR1C, BTNL9, TNXOCB3, PRAME, MELK, GPAM, NEK2, EXO1, BUB1, DLGAP5, TPX2, SDC1) meme kanserin'de, özellikle bazal benzeri grupta önemli olabileceği bulunmuştur. Çalışmamızda öncelikle 18-65 yaş arası 50 meme kanseri tanısı alan hastadan operasyon sırasında alınan tümör dokusu ve yakın sağlıklı dokulardan RNA izolasyonu gerçekleştirildi. Ardından üç circRNA (hsa_circ_0016201, hsa_circ_0000375, hsa_circ_0000515) ve 3 mRNA (ADH1B, BTNL9, SDC1) meme kanseri moleküler alt tiplerindeki ekspresyon seviyelerine bakılmak için qPCR ile incelendi. Daha sonra ise circRNA ve mRNA'lardaki ekspresyon seviyeleri değerlendirilerek olası biyobelirteç olabilme durumları tartışıldı.Breast cancer is a heterogeneous cancer that occurs as a result of marked molecular changes in breast tissue. According to data from the World Health Organisation in 2020, 2.3 million women were diagnosed with breast cancer, representing a quarter of the proportion of breast cancer among all cancer types compared to other cancer types. This resulted in the death of 685,000 women. Although there have been many new developments in breast cancer treatment and targeted therapy in recent years, this type of cancer has a high morbidity and mortality. Therefore, new research is still needed for biomarker detection. With the tremendous increase in knowledge about cancer biology and advances in molecular technology for about a decade, the literature on biomarkers in cancer is increasing. Non-coding RNAs in breast tissue, circular RNAs (circRNAs), microRNA (miRNA) are one of the most important research foci, especially in the field of cancer. Recent studies have shown that circRNAs play very important roles in the cell and have become one of the most important research foci, especially in the field of cancer. Many circRNAs, miRNAs and genes that may be associated with breast cancer have been identified. Three circRNAs (hsa_circ_0000375, hsa_circ_0016201, hsa_circ_0000515), three miRNAs (miR-486-5p, miR-141-5p and miR-183-5p) and 18 genes (CIDEC, ADH1B, TMEM132C, LIPE, ABCA8, ACVR1C, BTNL9, TNXOCB3, PRAME, MELK, GPAM, NEK2, EXO1, BUB1, DLGAP5, TPX2, SDC1) may be important in breast cancer, especially in the basal-like group. In our study, firstly, RNA isolation was performed from tumour tissue and nearby healthy tissues obtained during the operation from 50 breast cancer patients aged 18-65 years. Three circRNAs (hsa_circ_0016201, hsa_circ_0000375, hsa_circ_0000375, hsa_circ_0000515) and 3 mRNAs (ADH1B, BTNL9, SDC1) were then analysed by qPCR to determine their expression levels in breast cancer molecular subtypes. Afterwards, the expression levels of circRNAs and mRNAs were evaluated and their possible biomarker status was discussed.