Tip 2 diabetes mellitus hastalarında PPAR geninin MLPA (Multıplex Lıgatıon-Dependent Probe Amplıfıcatıon) yöntemi ile genetik analizi

Abstract

Tip 2 diyabet etiyolojisinde birçok genin birbiriyle etkileşmesi ve poligenik doğasına ilaveten obezite, fiziksel aktivite gibi çevresel faktörler bulunmaktadır. Multifaktöryel kalıtım özelliği olması, tip 2 diyabette bir genin fenotip üzerindeki etkisinin belirlenmesini zorlaştırmaktadır. PPAR? geni tip 2 diyabette en önemli aday genlerdendir ve tip 2 diyabetle ilişkili farklı mutasyonları gösterilmiştir. Ancak bugüne kadar PPAR? geninde tip 2 diyabetle ilişkili büyük delesyon ve/veya duplikasyon bildirilmemiştir. Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik AD'da gerçekleştirilen bu çalışmada Üniversitemiz Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıkları polikliniğinde, klinik ve biyokimyasal çalışmalarla Tip 2 diyabet tanısı almış 150 olguda Tip 2 DM hastalarına yönelik olarak dizayn edilmiş Salsa MLPA Probemix P224 PPAR? kitleri kullanılarak, PPAR?1 transkriptini kodlayan 8 ekzondaki delesyon ve/veya amplifikasyonlar incelendi. MLPA yöntemiyle Tip 2 diyabet gelişiminde PPAR? geninde delesyon ve/veya duplikasyon varlığına ilişkin bir veri elde edilmedi. Buna neden olabilecek faktörler gözden geçirildi ve sonuçlar literatürdeki PPAR? ve diyabet ilişkisini açıklamış olan veriler eşliğinde tartışıldı. Ayrıca ticari olarak MLPA'da kullanılmak üzere hazırlanmış olan probmiks kitinin, PPAR? genindeki mutasyonların saptanmasında yeterli olmadığı düşünüldü. Tip 2 diyabet'li olguların demografik özellikleri incelendiğinde, bu çalışmadaki olguların birçoğunun vücut kitle indeksine göre kilolu ya da obez olduğu görülürken, erkek olgu sayısının kadınlara oranla daha fazla olduğu saptandı. Tip 2 diyabetli olguların akrabalarında da tip 2 diyabet görülme sıklığının arttığı ve olguların %52,6'sının birinci derece akrabasında tip 2 diyabet olduğu saptandı. Sonuç olarak tip 2 diyabette PPAR? genindeki dengesiz büyük yeniden düzenlenmelerin tespiti için ticari olarak hazırlanmış probmiks kiti yeterli değildir ve ileride yapılacak çalışmalarda farklı probların yer aldığı probmiks ile PPAR? geni incelenebilir. Bununla birlikte tip 2 diyabette PPAR?'da büyük delesyon ve duplikasyon bulunmayabilir. Ayrıca tip 2 diyabet ile ilişkili olabilecek başka genlerin dengesiz büyük genomik yeniden düzenlenmeleri de söz konusu olabilir.

In addition to its polygenic nature and interactions of multiple genes, environmental factors such as obesity and physical activity are also considered to be underlying etiology of type 2 diabetes mellitus. The difficulty in determining the effect of a gene on phenotype is because of multifactorial inheritance in type 2 diabetes. PPAR? is one of the important genes in type 2 diabetes, in which different mutations related to type 2 diabetes have been demonstrated. To date, however, neither large deletion nor duplication have been reported in PPAR? gene in type 2 diabetes. This study was conducted in department of Medical Genetics, Pamukkale University School of Medicine. Salsa MLPA Probemix P224 PPAR? kit, which is designed for type 2 diabetes, were used to analyze deletions and/or amplifications in 8 exons that codes PPAR?1 transcript in 150 patients who were diagnosed as type 2 diabetes in Endocrinology and Metabolic Disorders department. No deletion and/or duplication was detected by MLPA method. The factors that could be associated with this finding were reviewed. The results were discussed with the reports in literature about association between PPAR? and type 2 diabetes. Furthermore, the commercial MLPA probmix kit was considered to be insufficient in detecting the mutations in PPAR? gene. We analysed the demographic characteristics of the patients with type 2 diabetes. Body mass index of most of the patients were in overweighted and obesity range. Male to female ratio was higher. It is revealed that positive family history confered an increased risk for type 2 diabetes and 52,6% of first degree relatives of our patients had type 2 diabetes. In conclusion, commercial probmix kit designed for the detection of large genomic rearrangements in PPAR? gene for type 2 diabetes was insufficient. For the future studies PPAR? gene can be investigated with different probmix probes. But it is probable that there is neither deletion nor duplication in PPAR? gene and furthermore large genomic rearrangements in different genes can be associated with type 2 diabetes.