Pamukkale Üniversitesi Çocuk Hematoloji Kliniğinde ocak 2018 – aralık 2023 yılları arasında akut lenfoblastik lösemi tanılı hastalarda IKZF1 gen delesyonu ve CRLF2 overekspresyonunun prognoza etkisinin değerlendirilmesi

Abstract

Amaç: Akut lenfoblastik lösemi ( tanısı alan hastala rda risk temelli tedavi yaklaşımı uygulanmaktadır. Ancak hal en uzun süreli ve yoğun tedavinin toksisite ve mortaliteye neden olabildiği gibi yeterince t edavi edilmeyen hastalarda da relaps görülmeye devam etmektedir. Bu nedenle doğru bir risk sınıflaması prognoz açısından çocukluk çağı ALL tedavisinde önemli bir rol oynamaktadır. BCR/ABL füzyon onkogenine yol açan t(9;22) ve MLL/AF4 füzyon onkogeninin oluşumuna neden olan t(4;11) gibi bilinen genetik anormallikler prognostik öneme sahiptir. Son yıllarda yapılan moleküler çalışmalar, başka genetik bozuklukların da prognoz üzerine olumsuz etkisi olduğunu göstermektedir. IKZF1 delesyonu ve CRLF2 overeksp resyonu prognoz üzerine etkili olduğu öngörülen genetik mutasyonlardandır. Bu çalışmada b ilinen klasik prognostik faktörlere göre takip ve tedavisini planladığımız hastalarda IKZF1 delesyonu ve CRLF2 overekspresyonunun prognoz üzerine etkisini değerlendirm eyi amaçla dık Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ocak 2018 ile Aralık 2023 tarihleri arasında hastanemizde tanı alan , yeterli miktarda deoksiribonükleik asit DNA materyaline sahip 24 ALL hastası dahil edildi. Toplam 24 hastada IKZF1 delesyon u multipleks ligasy on bağımlı prob amplifikasyonu ( MLPA) ile çalışıldı. Ribonükleik asit ( RNA ) materyali ne ulaşılabilen 4 hastanın ek olarak CRLF2 ekpresyon seviyesi Real Time PCR ile çalışıldı ve 8 sağlıklı kontrol ile karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmamızda IK ZF1 delesyon u saptanan hastalarda ortalama yaş 8 6 4 7 iken IKZF1 delesyon u saptanmayan hastalarda 6 6 4 3 idi. Delesyon izlenen 1 hasta 1 6 yaş arasında, 3 hasta ise 6 yaş ve üzerindeydi. D elesyon saptanan 4 hastadan 3’ ünün lökosit ( WBC sayısı> 5 0.000/mm 3 iken, 1 inde <20.000/mm 3 idi Ortalama WBC sayısı tüm grupta 43.767 78.102/ mm3, delesyon saptanan hastalarda 145.370 124.653 /mm 3 iken, saptanmayanlarda 17.030 26.820 /mm 3 idi. XIII Prednizona Prednizona kötükötü yanıt veren 7yanıt veren 7 hastadan hastadan 2’2’sindesinde (%28(%28..6) IKZF1 delesyonu varken, 6) IKZF1 delesyonu varken, iyiyi i yanıtlıyanıtlı 17 hastadan 17 hastadan 2’2’sindesinde (%11(%11..8) IKZF1 delesyonu mevcuttu. IKZF1 delesyonu 8) IKZF1 delesyonu mevcuttu. IKZF1 delesyonu saptanan 4 hastadan saptanan 4 hastadan 3’3’ünün 15.ünün 15. gün kemik iliği gün kemik iliği (Kİ) (Kİ) değerlendirmesi M3, değerlendirmesi M3, 1’1’inin ise inin ise M2 saptanM2 saptandı. dı. M1M1 izlenmeizlenmedidi.. On beşinci gün Kİ değerlendirmesi M3 olan bir hastanın On beşinci gün Kİ değerlendirmesi M3 olan bir hastanın 33. gün Kİ33. gün Kİ değerlendirmesi Mdeğerlendirmesi M22 olup, delesyon izlenen diğer olup, delesyon izlenen diğer 33 hastanın Mhastanın M11 idi.idi. Sonuç: Sonuç: ALL hastalarında ALL hastalarında IKZF1 delesyonu,IKZF1 delesyonu, prognostik belirteçlerden yüksek prognostik belirteçlerden yüksek yaş, tanı anında yüksek WBC sayısı, prednizona yaş, tanı anında yüksek WBC sayısı, prednizona kötü kötü yanıt, 15.yanıt, 15. gün gün KİKİ değerlendirmesinde yüksek blast oranı değerlendirmesinde yüksek blast oranı ile ilile ilişkiliişkili bulundu. bulundu. Sonuç olarak; çalışmamızSonuç olarak; çalışmamız TürkiyeTürkiye’’de de ALL hastalarında ALL hastalarında IKZF1 delesyonu ve CRLF2 overekspresyonunun IKZF1 delesyonu ve CRLF2 overekspresyonunun prognoz üzerine etkisinin değerlendirildiği ilk çalışmaprognoz üzerine etkisinin değerlendirildiği ilk çalışmalardan biridirlardan biridir ancak vaka ancak vaka sayımızın az olması nedeniyle istatistiksel değerlendirme yapısayımızın az olması nedeniyle istatistiksel değerlendirme yapılamamıştır. lamamıştır. IKZF1 IKZF1 delesyonu delesyonu ile ile CRLF2 overekspresyonunun prognoz üzerine etkisininiCRLF2 overekspresyonunun prognoz üzerine etkisininin n gösterilgösterilebilebilmesi mesi için için daha fazla hasta sayısına sahip çalışmalara ihtiyaç vardır.daha fazla hasta sayısına sahip çalışmalara ihtiyaç vardır.

Objective A risk based treatment approach is applied to patients diagnosed with acute lymphoblastic leukemia (ALL). However, long term and intensive treatment can still cause toxicity and mortality, and re lapse continues to occur in patients who are not adequately treated. Therefore, an accurate risk classification plays an important role in the treatment of childhood ALL in terms of prognosis. Known genetic abnormalities such as t(9;22), which leads to the BCR/ABL fusion oncogene, and t(4;11), which causes the formation of the MLL/AF4 fusion oncogene, have prognostic significance. Molecular studies conducted in recent years show that other genetic disorders also have a negative impact on prognosis. IKZF1 de letion and CRLF2 overexpression are genetic mutations predicted to be effective on prognosis. In this study, we aimed to evaluate the effect of IKZF1 deletion and CRLF2 overexpression on prognosis in patients whose follow up and treatment were planned acco rding to known classical prognostic factors. Materials and Methods: 24 ALL patients with sufficient DNA material who were diagnosed in our hospital between January 2018 and December 2023 were included in the study. IKZF1 deletion was studied by multiplex l igation dependent probe amplification (MLPA) in a total of 24 patients. In addition, the CRLF2 expression level of 4 patients for whom RNA material was available was studied with Real Time PCR and compared with 8 healthy controls Results: In our study, th e average age of patients with IKZF1 deletion was 8 6 ± 4 7 years, while it was 6 6 ± 4 3 years in patients without IKZF1 deletion. One patient with a deletion was between the ages of 1 and 6, and 3 patients were aged 6 and over. While the leukocyte (WBC) count of 3 of the 4 patients with a deletion was >50 000/mm 3 , 1 of them was <20 000/mm 3 . The mean WBC count was 43.767 78.102/ mm 3 in the entire group, 145.370 124.653 /mm3 in patients with a deletion, XV and and 17.03017.030 ±± 26.82026.820/mm/mm33 in those without a deletion.in those without a deletion. While 2 of 7 patients (28.6%) While 2 of 7 patients (28.6%) who responded poorly to prednisone had IKZF1 deletion, 2 of 17 patients (11.8%) who who responded poorly to prednisone had IKZF1 deletion, 2 of 17 patients (11.8%) who responded well to prednisone had IKZF1 deletion. The 15th day bone marrow responded well to prednisone had IKZF1 deletion. The 15th day bone marrow evaluation of 3 of the 4 patients with IKZF1 deletion was found to evaluation of 3 of the 4 patients with IKZF1 deletion was found to be M3, and 1 was be M3, and 1 was found to be M2. M1 was not monitored. The 15th day bone marrow evaluation of a found to be M2. M1 was not monitored. The 15th day bone marrow evaluation of a patient was M3, and the 33rd day bone marrow evaluation was M2, and the other 3 patient was M3, and the 33rd day bone marrow evaluation was M2, and the other 3 patients with deletions were M1.patients with deletions were M1. Conclusion: Conclusion: In ALL patients with IKZF1 deletionIn ALL patients with IKZF1 deletion was found to be associated was found to be associated with prognostic markers such as higher age, high WBC count at diagnosis, poor with prognostic markers such as higher age, high WBC count at diagnosis, poor response to prednisone, and high blast rate at day 15 bone marrow evaluation. In response to prednisone, and high blast rate at day 15 bone marrow evaluation. In conclusion; Our study is one of the first studies in Turkey to evaluaconclusion; Our study is one of the first studies in Turkey to evaluate the effect of te the effect of IKZF1 deletion and CRLF2 overexpression on prognosis in ALL patients, but IKZF1 deletion and CRLF2 overexpression on prognosis in ALL patients, but statistical evaluation could not be made due to our small number of cases. Studies with statistical evaluation could not be made due to our small number of cases. Studies with a larger number of patients are needed to demonstrate the effect of IKZF1 dela larger number of patients are needed to demonstrate the effect of IKZF1 deletion and etion and CRLFCRLF22 overexpression on prognosis.overexpression on prognosis.